Damit man nicht auf Typoscript oder andere Einstellungen setzen muss, kann man die QuerySettings einer Repository einstellen, um z.B. die Storage-PID selbst zu definieren.
$persistPid = 99;
$this->rubricRepository->setDefaultQuerySettings(
GeneralUtility::makeInstance(Typo3QuerySettings::class)
->setStoragePageIds([$persistPid])
);